Em janeiro de 1933, o Partido Nazista assumiu o controle da Alemanha, e os livros de Freud estavam entre aqueles queimados e destruídos pelos nazistas. Freud comentou a Ernest Jones: “Que progresso estamos fazendo. Na Idade Média, teriam me queimado. Agora, eles se contentam em queimar meus livros.” No entanto, Freud continuou a subestimar a crescente ameaça nazista e permaneceu determinado a ficar em Viena, mesmo após o Anschluss de 13 de março de 1938, quando a Alemanha nazista anexou a Áustria, e os surtos de violento antissemitismo que se seguiram.
Ernest Jones, então presidente da Associação Psicanalítica Internacional (IPA), voou para Viena de Londres via Praga em 15 de março, determinado a fazer Freud mudar de ideia e buscar exílio na Grã-Bretanha. A perspectiva de perigo crescente e o choque da prisão e interrogatório de Anna Freud pela Gestapo finalmente convenceram Freud de que era hora de deixar a Áustria. Jones partiu para Londres na semana seguinte com uma lista fornecida por Freud das pessoas que precisariam de permissões de imigração. De volta a Londres, Jones usou sua relação pessoal com o Secretário do Interior, Sir Samuel Hoare, para acelerar a concessão das permissões. No total, havia dezessete permissões, incluindo permissões de trabalho, quando relevantes. Jones também usou sua influência nos círculos científicos, persuadindo o presidente da Royal Society, Sir William Bragg, a escrever ao Ministro das Relações Exteriores, Lord Halifax, solicitando pressão diplomática em favor de Freud em Berlim e Viena. Freud também contou com o apoio de diplomatas americanos, incluindo seu ex-paciente e embaixador dos Estados Unidos na França, William Bullitt, que alertou o presidente dos EUA, Roosevelt, sobre os perigos crescentes enfrentados pelos Freuds. Isso resultou na organização da vigilância regular da residência dos Freuds em Viena pelo cônsul-geral americano, John Cooper Wiley. Ele também interveio por telefone durante o interrogatório da Gestapo de Anna Freud.
A saída de Viena começou em etapas ao longo de abril e maio de 1938. O neto de Freud, Ernst Halberstadt, e a esposa e filhos de Martin Freud partiram para Paris em abril. A cunhada de Freud, Minna Bernays, partiu para Londres em 5 de maio, Martin Freud na semana seguinte e a filha de Freud, Mathilde, e seu marido, Robert Hollitscher, em 24 de maio.
No final do mês, os preparativos para a partida de Freud para Londres ficaram paralisados, devido a um complicado processo legal e negociações financeiras extorsivas com as autoridades nazistas. Sob as regulamentações impostas à população judaica pelo novo regime nazista, um Comissário foi nomeado para gerenciar os bens de Freud e os da IPA, cuja sede estava próxima da casa de Freud. Freud foi designado para o Dr. Anton Sauerwald, que havia estudado química na Universidade de Viena sob a orientação do Professor Josef Herzig, um antigo amigo de Freud. Sauerwald leu os livros de Freud para aprender mais sobre ele e se mostrou simpático à sua situação. Embora fosse obrigado a divulgar os detalhes de todas as contas bancárias de Freud para seus superiores e a providenciar a destruição da histórica biblioteca de livros mantida nos escritórios da IPA, Sauerwald não fez nada disso. Em vez disso, ele removeu evidências das contas bancárias estrangeiras de Freud para guardá-las em seu próprio cofre e organizou o armazenamento da biblioteca da IPA na Biblioteca Nacional da Áustria, onde permaneceu até o fim da guerra.
Embora a intervenção de Sauerwald tenha aliviado o fardo financeiro do Imposto de Fuga do Reich sobre os ativos declarados de Freud, outras despesas substanciais foram cobradas em relação às dívidas da IPA e à valiosa coleção de antiguidades que Freud possuía. Incapaz de acessar suas próprias contas, Freud recorreu à Princesa Marie Bonaparte, a mais eminente e rica de suas seguidoras francesas, que viajou para Viena para oferecer seu apoio financeiro. Isso permitiu que Sauerwald assinasse os vistos de saída necessários para Freud, sua esposa Martha e sua filha Anna. Em 4 de junho, eles deixaram Viena no Orient Express, acompanhados por sua governanta e um médico, chegando a Paris no dia seguinte. Ficaram hospedados na casa de Marie Bonaparte antes de viajar durante a noite para Londres, onde chegaram à estação Victoria em 6 de junho.
Entre aqueles que prestaram suas homenagens a Freud estavam Salvador Dalí, Stefan Zweig, Leonard e Virginia Woolf e H. G. Wells. Representantes da Royal Society entregaram a Freud a Carta da Sociedade, já que ele havia sido eleito Membro Estrangeiro em 1936. Marie Bonaparte chegou no final de junho para discutir o destino das quatro irmãs idosas de Freud que foram deixadas para trás em Viena. Suas tentativas posteriores de obter vistos de saída para elas falharam, e todas elas foram mortas em campos de concentração nazistas.
Em 1939, Sauerwald chegou misteriosamente a Londres, onde se encontrou com Alexander, irmão de Freud. Ele foi julgado e preso em 1945 por um tribunal austríaco devido a suas atividades como funcionário do Partido Nazista. Respondendo ao apelo de sua esposa, Anna Freud escreveu para confirmar que Sauerwald “usou seu cargo como nosso comissário nomeado de tal maneira que protegeu meu pai”. Essa intervenção ajudou a garantir sua libertação da prisão em 1947. A nova residência da família Freud foi estabelecida em Hampstead, na 20 Maresfield Gardens, em setembro de 1938. O filho arquiteto de Freud, Ernst, projetou modificações no ed
ifício, incluindo a instalação de um elevador elétrico. As áreas de estudo e biblioteca foram organizadas para criar a atmosfera e a impressão visual das salas de consulta de Freud em Viena. Freud continuou a atender pacientes lá até as fases terminais de sua doença. Ele também trabalhou em seus últimos livros, “Moisés e o Monoteísmo”, publicado em alemão em 1938 e em inglês no ano seguinte, e o não concluído “Esboço da Psicanálise”, que foi publicado postumamente.